Всё нормально, не волнуйтесь. Первое время малыш боится, привыкает к новому дому, может прятаться, и всё перечисленное устроить в одном месте. Его запах успокаивает его, бояться нечего. Со временем определится с туалетом, спальней, кладовкой.
Чистите раз в неделю, когда он выбирается из укрытия, отгородив его чем-нибудь. Например, разверните колесо так, чтобы когда он бегает, его дом был ему не виден, тихо и аккуратно уберите самую грязь. А как следует - позже, когда привыкнет.