Похоже на то, что хомячки "метят" территорию. Если клетки стоят неподалеку друг от друга, хомячки чувствуют запах друг друга, из-за этого беспокоятся и стараются как можно тщательнее пометить свои владения от чужака.
В этом случае просто поставьте клетки в разные места.

Возможно также, что вы убираетесь в клетках слишком часто, и хомячки также пытаются вернуть "свой" запах в чистые клетки.
Чистить клетку рекомендуется не чаще одного раза в неделю (используя гранулированный наполнитель, проблемы запаха в таком случае не бывает).

Если хомячки по-прежнему будут чесаться, необходимо показать их доктору и исключить паразитов. Адреса ветклиник вы сможете найти на нашем сайте в разделе АДРЕСА.