Причиной этого может быть неподходящий корм или повышенное содержание всякой химии (напр. нитратов) в чем-то, чем вы кормили хомячка. Также это может возникнуть из-за внезапной перемены корма. Расстройство желудка в легкой форме пройдет само, если вы какое-то время не будете давать хомячку свежих овощей и фруктов. Можете дать хомячку немного вареного (на воде) риса.
К сильному расстройству желудка надо отнестись серьезно. Лучше сразу обратиться к ветеринару. Хомячок может заразить других хомячков, если они у вас, конечно, есть. Поэтому основательно мойте руки после общения с больным хомячком. Расстройство желудка может также являться симптомом "мокрого хвоста" (см. следующий вопрос).
Еще про расстройство желудка у хомячков читайте здесь